有机农业的出发点，是充分利用区域内可再生利用的养分资源，达到最小程度地使用外来肥料资源的目的。

现在规定有机农业(有机和绿色食品)不能或少使用化肥，是没有科学依据的。因为作物吸收养分主要是离子态的，无论是有机肥还是化肥中的养分，最后都必须变成离子态的才能被作物根系吸收，根系分不出哪些离子是来自有机肥的，哪些来自化肥，而且这些养分在体内的功能完全一样。一个明显的例子是，无土栽培算不算绿色食品？而它所使用的是纯的化学肥料。当然，化肥用得不好，容易造成农产品品质变差这也是事实，有机肥料中各种养分浓度都不算很高，比较均衡，肥效比较稳定和持久，施用量如果不是过大，一般不容易造成土壤养分比例严重失调，和使农产品品质变差，即有机肥用量变幅比较大，比较容易控制，所以有机肥生产出来的产品一般品质比较好。

从科学角度上说，有机农业不应该完全拒绝使用化肥。