无论是有机肥料还是化肥，都含有一定数量的氮磷钾养分，只是化肥养分浓度一般高于有机肥。

化肥与有机肥料相比是绝对安全的，氮肥是空气中的氮、氢和碳元素组成，磷肥只有部分的进口磷肥中重金属镉超标，钾肥中更没有有害元素，其它化肥产品无害化指标均在标准规定的范围内。而有机肥，特别是现代化养殖场畜禽粪便生产，未经无害化处理的有机肥料，由于混配饲料中的添加剂，使其中或多或少含有一些重金属、激素和抗生素，如果这种有机肥料不加处理或处理不当而施于农田，则对作物造成的污染，比施用化肥造成污染的机会要大得多，并不是施用越多越好。当然，氮磷化肥施用不当，也会引起水体和大气的污染，如湖泊的富营养化，以及温室气体氧化亚氮的排放，对臭氧层的破坏和全球气候变暖等。

对此需要通过优化施肥技术、协调高产与环境保护的关系来加以解决。